DNA污染监测的一种方法

对于高灵敏的PCR技术来说，少量的DNA污染就可导致PCR假像或假阳性。污染的DNA来自于气溶胶中DNA 的片段。这些气溶胶中的DNA可源自离心机、移液器和其它实验室设备，或从PCR反应管中飞溅出来。它们很难去除，并可能导致样品之间的交叉污染。在扩增过程中检测到的单个外源DNA分子，就可给整个实验过程和结果诠释带来很多问题。不幸的是，即使是经验丰富的实验室，DNA污染也会偶尔发生，并且只有当PCR检测到时，才会引起注意。

值得指出的是，桌面和实验室工作区，以及分子生物学实验室中的设备（例如离心机，移液器，反应管架等）等不同表面容易暴露于目的DNA和扩增DNA的污染中。在实验前后，通过触摸门把手，纸张，计算机键盘和鼠标，实验室操作员也会无意间携带和扩散DNA污染，而不论他们是如何富有经验或怎样谨慎。此外，某些PCR技术如qPCR两步法或巢式PCR，在将DNA从一个PCR转移到下一个PCR时，也增加了扩增产物污染的风险。

下面笔者提供一种DNA污染监测的一种方法，即采用SwabUp™Lab Monitoring试剂盒，可追踪分子生物学实验室内DNA污染的热点区域，以便有效地消除它们并防止未来再发生。 实验室和工作区域的定期清洁和监控可以帮助及早发现和避免DNA污染。 SwabUp™Lab Monitoring试剂盒包含了用于样品收集、DNA提取和PCR扩增的组件，是一套能胜任环境监测的系统。

SwabUp™Lab Monitoring试剂盒非常容易使用。涂抹拭子装在密封的塑料袋中。涂抹拭子的杆由塑料制成，顶端由植绒尼龙纤维制成，具有出色的吸附性能。拭子杆上有一个模制的断点，方便收集样品后拭子折断并将其插入到含有【收集缓冲液】的Collection Buffer tube中。广泛测试证实这种拭子非常有效。DNA提取系统经过优化，可有效检测极小量的污染DNA。此外，在SwabUp™ Lab Monitoring Plus试剂盒中还包含无污染的即用型PCR系统，以排除交叉污染（因用户自己的PCR试剂和缓冲液污染而导致）。

该方法简单，包括以下一般步骤：（1）使用提供的拭子收集样本，（2）DNA与纯化柱的选择性结合，（3）去除残留的其他污染物和抑制剂，（4）纯化DNA的洗脱，（5）使用冻干的SwabUp™DNAmp Mix进行PCR扩增。

应从容易遭受DNA污染的暴露的表面和/或设备采集样品，如离心机、移液管、反应管架、门把手、实验室书籍、计算机键盘、计算机鼠标、触摸板，台式机以及任何分子实验室的工作区域。

应使用拭子头收集每个样品，并充分擦拭每个不同的10×10厘米的表面。

DNA提取是必要的，可避开抑制PCR的物质，如纤维、组织、灰尘或样本中的高丰度蛋白。因此，在PCR进行前，应先作DNA提取。该流程不需要酚/氯fang试剂，并且DNA提取和PCR体系制备需要的手动操作很少。DNA提取约30分钟内完成，并且建立PCR反应体系只需几分钟，因为PCR预混液是即用型的。

操作流程一览

1. 样本收集

1. DNA 抽提
2. 附录I
3. 1. 实验室监测和追踪污染热点区域。 

4. 为了监督分子生物学实验室清洁程序的效率，实验室和环境监测应每三个月进行一次。

   

    

   * DNA提取对照非必选，但我们建议设立该对照以验证DNA提取流程。

   **内部对照非必选，它能用于验证PCR的扩增。

   2. 清除和防止DNA污染的措施

   如果在实验室中检测到DNA污染，则应按以下步骤进行：

    

   1）如果在某个区域内检测到DNA污染，而该区域是常规清洁程序的一部分，那么应立即使用含次氯酸钠的表面清洁剂再次进行清洁（对于敏感的表面，应寻求适当的替代品）。

   2）对于常规清洁程序，您应进行修改并采取措施以改进。

   3）如果在某个区域内检测到DNA污染，而该区域不是常规清洁程序的一部分，那么您应立即将此区域纳入到实验室常规清洁程序中，并通知所有的实验室操作员并进行适当的培训。

   4）清洁后重复PCR扩增，直到不再检测到污染为止。

    5）确保您实验室中的所有操作员都充分了解这些措施，并进行了相应的培训。