PCR Clean科研实验数据

PCR Clean™是一款即用型工作液，用于去除PCR工作台、实验室机电产品和设备表面上留存的核酸。该工作液包含一种表面活性剂和一种非碱性非致癌性试剂。在这项研究中，我们针对不同的表面上留存的不同类型的核酸，检查了PCR Clean™的使用效果和效率，并和其他的几种去除剂进行了比较。

实验过程

1、去除不同表面上的DNA扩增片段

我们用大肠杆菌O104和O157的DNA扩增片段，检查了PCR Clean™对DNA污染的去除效率，并和其他几种去除试剂进行了比较。我们在塑料薄膜、玻璃表面和千思板（常用于实验工作区台面，Trespa®品牌）滴加了2μl（0.2 ng）大肠杆菌O104 DNA，在Plexiglas®（树脂玻璃）和铝表面滴加了2μl（0.2ng）大肠杆菌O157 DNA。待DNA*风干后，用蘸有PCR Clean™或一种稀释的洗洁精、70%乙醇、异丙醇、水的纸巾擦拭去除，或者用干纸巾擦拭去除。随后用一个干净潮湿的拭子在该区域表面涂拭取样。另取0.05 ng大肠杆菌O104 DNA或0.2 ng大肠杆菌O104 DNA作为阳性对照，加入250l PCR级别水溶解，其抽提方式和其他样品一样。

2、去除铝表面的基因组DNA和质粒DNA

在铝表面滴加2μl（2X10⁶拷贝数）大肠杆菌基因组DNA或质粒DNA测试。PCR Clean™与蘸水的湿纸巾或干纸巾对照。

3、去除Plexiglas®（树脂玻璃）表面上的RNA

在Plexiglas®表面6个点分别滴加5g（11μl）RNA进行测试。取样后的RNA作逆转录和qPCR。

4、DNA抽提和qPCR扩增

拭子上的DNA采用SwabUp™ Lab Monitoring试剂盒进行抽提。所有收集的样本DNA和阳性对照抽提的方式相同。随后进行qPCR。

检验结果

1、去除不同表面的DNA扩增片段

结果显示，和其他几种清除剂相比，PCR Clean™的对扩增的DNA段去除的更多（见表1），效果jia（见图1），Ct值更高。

表1：与其他清除剂相比，使用PCR Clean™后，qPCR测定的细菌DNA扩增片段的Ct值

图1：采用不同的清除剂，对 A.树脂玻璃®、B.铝、C.千思板®、D.玻璃和E.塑料薄膜上的大肠杆菌DNA扩增片段去除后，qPCR的扩增曲线

2、去除铝表面的基因组DNA和质粒DNA

结果显示，与水和干纸巾相比，含PCR Clean™的湿巾对基因组DNA和质粒DNA有更多的去除（见表2）。Ct值（图2,A，B）更高，提示DNA量有大幅下降。

表2：与水和干纸巾相比，使用PCR Clean™后，qPCR测定的铝表面基因组DNA或质粒DNA的Ct值

图2：采用PCR Clean™、水或干纸巾去除铝表面的大肠杆菌基因组DNA或大肠杆菌质粒DNA后的qPCR扩增曲线

3、去除Plexiglas®（树脂玻璃）表面的RNA

和其他几种清除剂相比，PCR Clean™对Plexiglas®表面的RNA去除多（见表3），Ct值也gao（见图3）

表3：和其他几种清除剂相比，PCR Clean™去除树脂玻璃表面的RNA后，RNA逆转录合成cDNA, 再qPCR测定Ct值

图3：使用不同的清除剂，从树脂玻璃®中去除RNA后，RNA再逆转录并进行qPCR扩增

结论

我们研究的结果显示，PCR Clean™对来自所有检测表面的DNA扩增片段，质粒、基因组DNA和RNA污染的去除，是极为有效的，而且起效很快。去除结果还显示，相比于其他常见的DNA清除剂，比如分子生物学实验室常用的乙醇、异丙醇或洗洁精，PCR Clean™的去除效果和效率都具有明显的优势。因此，在PCR反应前后，经常使用PCR Clean™，会非常便捷，可理想地保持干净的工作区域，而这对于分子生物学实验室和PCR工作台都是非常重要的，因为它可节省时间和支出。